Il s'agit de traduire dans l'organisation du ministère la nouvelle ambition de la France en matière de développement durable, précise le CMPP. Dans le domaine de la gestion des infrastructures, il s'agira de respecter les objectifs que s'est fixés la France en matière de développement des solutions de transport alternatives à la route à l'horizon 2012 et veiller à ce que les dépenses fiscales soient favorables à l'environnement.
Selon le CMPP, le plan de transformation du ministère doit en conséquence répondre à deux axes : focaliser le ministère sur des fonctions de stratégie et de régulation et préserver un haut niveau d'expertise tout en réorientant les ressources du ministère vers les politiques prioritaires. L'activité technique du ministère est encore trop tournée vers des domaines aujourd'hui moins prioritaires (routes) ou vers des activités où l'intervention de l'État ne se justifie plus (ingénierie concurrentielle), alors que de nouveaux besoins s'expriment dans le domaine de l'environnement, de la prévention des risques et plus largement du développement durable, estime le Conseil.
La réorganisation de ce ministère avait débuté en décembre au niveau de l'administration centrale par un nouvel organigramme resserré, structuré autour de grandes directions métier, au niveau régional par la fusion des directions régionales de l'environnement, de l'équipement et de l'industrie, de la recherche et de l'environnement et au niveau départemental par la fusion des directions départementales de l'équipement et de l'agriculture et par l'allégement de l'organisation de Météo France.
Le MEEDDAT doit maintenant renforcer ses capacités d'expertise dans les domaines nouveaux ou en croissance (prévention des risques, expertise sur l'énergie, la biodiversité, etc.) en utilisant les marges de manœuvre issues du redéploiement d'une partie des effectifs de l'activité « d'ingénierie concurrentielle », l'État n'ayant pas vocation à concurrencer l'offre privée, précise le CMPP. Il pourra également compter sur une partie des effectifs du réseau scientifique et technique du ministère, par la réduction des activités « routières », par la réorientation des prestations externes d'ingénierie vers des activités à plus forte valeur ajoutée et par la rationalisation des fonctions support, ajoute le CMPP.
La réforme passe aussi par un recentrage de l'Ademe sur son rôle de « précurseur » : financement de démonstrateurs et expertise. Il s'agira en outre, de mutualiser les effectifs de police de l'eau (Office national de l'eau et des milieux aquatiques Onema) et de la nature (Office national de la chasse et de la faune sauvage -ONCFS) sous l'autorité du DDEA, afin de disposer d'une taille critique sur le terrain et de renforcer les coopérations entre police administrative (DDEA) et police judiciaire (offices de l'eau et de la chasse). Dans le domaine de l'eau, la mutualisation et la rationalisation, entre les agences de l'eau et l'Onema, de la gestion des données (essentielle pour remplir les obligations communautaires) permettrait une efficacité accrue, note le CMPP.
Dans le domaine fluvial, le CMPP considère que les efforts d'optimisation et de modernisation des méthodes d'exploitation de Voies navigables de France (VNF), doivent être poursuivis (automatisation, organisation par itinéraire, etc.) pour tirer parti des travaux prévus de rénovation du réseau.